Les modalités de concertation pour les prochaines étapes de mise au point finale du projet seront fixées par les partenaires du projet.
Entre 2009 et 2014, placer la concertation comme "moteur" de la conduite des études en faisant participer les acteurs à l'élaboration des projets a été la démarche volontariste de Réseau Ferré de France. 

Etat, Régions Occitanie et Nouvelle-Aquitaine et RFF (aujourd'hui SNCF Réseau) avaient voulu que la conception des lignes nouvelles allie en permanence la concertation avec les différents acteurs et les études. Cette méthode d'élaboration du GPSO a été formalisée par un protocole-cadre signé le 26 décembre 2007.
L’élaboration du projet s’est accompagnée d’une concertation renforcée avec les acteurs concernés (élus, riverains, associations…) et le public. Cette concertation a été menée dans le respect des principes consignés dans une charte de la concertation territoriale , sous l’égide de garants proposés par SNCF Réseau en accord avec la Commission Nationale du Débat Public (Procédure régie par la loi du 27 février 2002, c’est une étape dans le processus décisionnel, s’inscrivant en amont du processus d’élaboration d’un projet. ...) (CNDP), à l’issue des débats publics de 2005 et 2006.

L’apport de la concertation a été continu : lors des étapes progressives de la définition des fonctionnalités du projet, puis du fuseau de passage jusqu'au choix du tracé. Près de la moitié du tracé des lignes nouvelles présentées à l’enquête publique a été directement issue de cette "co-construction".

La méthode de travail retenue fut une conception simultanée des deux projets de lignes nouvelles, permettant notamment la définition d’un tronc commun au sud de Bordeaux et une organisation des études en trois étapes.  

Les objectifs étaient de :